החקירה הנגדית של ראש הממשלה בנימין נתניהו מסמנת פרק דרמטי וארוך בתיקי האלפים. לאורך הדיונים, התביעה ביקשה להוכיח כי פעולותיו של נתניהו לא היו מונעות משיקולים מדיניים או תקשורתיים כפי שטען, אלא מתוך מניע של תן-וקח פלילי. העדות המפורטת של נתניהו נדדה בין נאומים פוליטיים לבין הכחשות גורפות של אירועים שאותם העידו עדים אחרים, מה שהציב את השופטים מול דילמה של הכרעה באמינות בין גרסאות מנוגדות לחלוטין. הניתוח מצביע על כך שההגנה התמקדה בבניית נרטיב של עוינות מצד מערכות התקשורת, כהסבר לכך שהוא נאלץ "לנהל" את הסיקור בענייניו האישיים, מה שמנוגד לטענת הפרקליטות לניצול לרעה של כוח המשרה.

בתיק 4000, המורכב ביותר, עולה כי הניסיון להוכיח שוחד נתקל באתגרים בשל היעדר ראיית זהב הקושרת באופן ישיר וחד-משמעי את הטבות הרגולטור בבזק לדרישות הסיקור. עם זאת, התביעה הצליחה להציג רצף של פעולות ותקשורת אינטנסיבית בין לשכת ראש הממשלה לבין אתר וואלה, המצטברים לתמונה של כוונה עבריינית בעיני התובעים. השימוש בעדויות כמו זו של ניר חפץ מול גרסתו של נתניהו הדגיש את העומק של הסתירות בתיק. ההיבט המעניין ביותר הוא ההבדל בין השימוש בתיקי 1000 ו-2000 לתיק 4000, כאשר כל אחד מהם מחייב את השופטים להכריע במבחנים משפטיים שונים של הפרת אמונים אל מול שוחד. בעוד נתניהו ממשיך לדבוק בקו של "לא זוכר" או הכחשה מוחלטת, השופטים נדרשים להעריך לא רק את המילים שלו, אלא גם את סגנון ההתנהלות שלו תחת לחץ משפטי חסר תקדים.

השלכות המשפט חורגות הרבה מעבר לתוצאה הפלילית, שכן הן נוגעות בלב היחסים בין ראש ממשלה, מערכות תקשורת, והון. התהליך, שצפוי להימשך שנים, משמש גם כזירה שבה נבחנת עמידותן של מוסדות המדינה והביקורת הציבורית כלפיהן. נכון לעכשיו, ברור כי החקירה הנגדית הייתה השלב המעצב ביותר שבו הפערים הראייתיים נחשפו במלוא עוצמתם, והם יהוו את הבסיס להכרעת הדין העתידית בתיקים אלו.